İskelet kalıntıları, Pleistosen hominin DNA'sının önemli kaynaklarıdır, ancak arkeolojik alanlarda nadiren geri kazanılır.Mitokondriyal DNA (mtDNA) mağara çökellerinden elde edilmiştir, ancak popülasyon ilişkilerini incelemek için sınırlı bir değer sağlar.Nükleer DNA çok daha fazla bilgi içermesine rağmen, tortulardan elde edilmesi önemli zorluklar sunar. MtDNA'dan çok daha az miktarda bulunur ve genellikle antik tortullarda bulunan genetik materyale hakim olan diğer hominin olmayan memeli ve mikrobiyal DNA'dan ayırt edilmesi zordur.
Max-Planck-Institute for Evolutionary Anthropology'deki Evrimsel Genetik Bölümü'nden Dr. Benjamin Vernot ve meslektaşları, bu zorlukların üstesinden gelmek için mağara çökellerinden nükleer DNA'yı kurtarmak, zenginleştirmek ve analiz etmek için yöntemler geliştirdiler.Dr. Vernot, "Örneğin, insan genomunda bir ayının DNA'sına çok benzeyen birçok yer var" dedi.Genomda yalnızca insan DNA'sını izole etmekten emin olabileceğimiz bölgeleri özellikle hedefledik ve ayrıca insan dışı DNA'yı çıkarmadaki başarımızı ölçmek için yöntemler tasarladık.""Bilinmeyen bazı sırtlan türlerine yanlışlıkla bakmadığımızdan emin olmak istedik."
Spesifik olarak, araştırmacılar yaklaşımlarını üç mağaradan 150'den fazla tortu örneğinden nükleer DNA çıkarmak için uyguladılar: Kuzey İspanya'daki Galería de las Estatuas ve güney Sibirya'nın Altay Dağları'ndaki Chagyrskaya ve Denisova mağaraları.Yaklaşık 100.000 yıl önce İspanya'da bir mtDNA cirosunun eşlik ettiği bir popülasyon değişimi tespit ettiler.Ayrıca Neandertal tarihinde Geç Pleistosen'in erken döneminde iki radyasyon olayı tespit ettiler.
Dr. Vernot, “Çökeltilerin nükleer DNA analizinin şafağı, eski insanların evrimsel tarihini ortaya çıkarmak için seçenekler yelpazesini büyük ölçüde genişletiyor” dedi."Antik DNA alanını insan kalıntılarını bulma kısıtlamalarından kurtararak ve potansiyel olarak araştırma için uygun olan yerlerin sayısını artırarak, artık daha önce mümkün olduğu düşünülenden çok daha fazla insan popülasyonundan ve çok daha fazla yerden DNA'yı inceleyebiliriz.'' dedi